Stosując w praktyce NPR możemy doświadczyć kilku trudności, które jednak w krótkim czasie przestaną być problemem:

1. Na początku w trakcie prowadzenia obserwacji mogą pojawić się opory natury estetycznej. Oswojenie się z czytelnymi objawami, które wysyła organizm kobiety, wymaga pewnego czasu, aczkolwiek pozytywne nastawienie i szereg zalet NPR powinny ułatwić przełamanie delikatnej wrażliwości u niektórych kobiet.
2. Poznanie ze szczegółami pomiarów i interpretacji wyników obserwacji według konkretnej metody wymaga pewnego wysiłku i systematyczności, szczególnie na początku jej wdrażania. Z czasem (po kilku-kilkunastu miesiącach stosowania) obserwacje stają się naturalne, a interpretacja prosta. Pokrzepiający jest fakt, że konkretnej metody rozpoznawania płodności możemy uczyć się pod okiem profesjonalnego instruktora, który na bieżąco monitoruje postępy w nauce. Korzyści płynące ze stosowania NPR mogą dodatkowo pomóc w zmotywowaniu małżeństw do zapoznania się z metodyką obserwacji i interpretacji.
3. Okresowa wstrzemięźliwość, związana z odkładaniem poczęcia dziecka, stanowi pewien trud i wyzwanie, szczególnie dla mężczyzny. Fakt, że potrafimy przez pewien czas powstrzymać się od współżycia i panować nad własnym ciałem sprawia, że możemy czuć się jego włodarzami, a nie niewolnikami. W ostateczności taka postawa zaowocuje pogłębieniem relacji małżeńskiej. Warto w tym miejscu pamiętać, że w sytuacji odkładania poczęcia dziecka w czasie, po niełatwym doświadczeniu wstrzemięźliwości w okresie płodnym nastaje czas małżeńskiej radości w fazie niepłodnej.